Am 1. August 1942 wurde er dem Sonderkommando 4a der Einsatzgruppe C zugeteilt, dessen Leitung er im Januar 1943 übernahm. Unter seinem Befehl wurden Massenmorde an Patienten einer psychiatrischen Klinik, Juden, kommunistischen Funktionären und vielen anderen Menschen begannen.
Im Herbst 1943 wechselte Schmidt zum Reichssicherheitshauptamt nach Berlin; am 1. Februar 1944 erfolgte seine Versetzung als Gestapoleiter nach Kiel, wo er im Frühjahr 1944 den Antrag stellte, ein „Arbeitserziehungslager“ einzurichten.
Schmidt war damit verantwortlich für die Errichtung des Lagers, ihm unterstand das gesamte Personal und er konnte – nach Rücksprache mit dem Geheimen Staatspolizeiamt – die Todesstrafe für einzelne Häftlinge anordnen.
Ende April / Anfang Mai 1945 besorgte sich Schmidt falsche Papiere und ergriff die Flucht. Nach kurzem Zwischenaufenthalt in Soltau und Bremen - hier war er juristischer Hilfsarbeiter beim Senator für Wirtschaft, Hafen und Verkehr - entzog er sich einem möglichen Zugriff durch Flucht über die bayerisch-österreichische Grenze. Dafür legte er sich einen neuen Namen zu, wurde beim illegalen Grenzübertritt verhaftet und gab sich als aus russischer Kriegsgefangenschaft geflohener deutscher Soldat. Nach wenigen Wochen kam er frei, meldete sich unter dem Namen „Friedrich Schütte“ in München an und baute sich in den Folgejahren eine bürgerliche Existenz auf.
Erst 16 Jahre später flog er aufgrund eines Berichts eines in die DDR übergelaufenen BND-Mitarbeiters auf, der ihn als Kollege im bundesdeutschen Geheimdienst benannte. Ob Schmidt tatsächlich für den BND arbeitete, ist bis heute offen, auch wenn Indizien in diese Richtung weisen. Schmidt mußte sich in München u.a. wegen seiner angenommenen falschen Identität verantworten, wurde zu einer dreimonatigen Bewährungsstrafe verurteilt und durfte danach den Doppelnamen „Schmidt-Schütte“ führen.
Am 18. Dezember 1963 – also knapp zwei Jahre nach seiner ersten Verurteilung - nahm ihn die Polizei aufgrund eines Haftbefehls des Amtsgerichts Kiel fest. Anschließend stand er in Schleswig-Holstein zum einen wegen den Taten und Morden im „Arbeitserziehungslager Nordmark“ und ab 1965 wegen Beihilfe zum Mord an vier Luftwaffenoffizieren vor Gericht. Während es Schmidt gelang seine Verantwortung für das AEL herunterzuspielen, verurteilte ihn das Landgericht Kiel zumindest für die Beihilfe zum Mord zu zwei Jahren Zuchthaus, die durch die Untersuchungshaft abgegolten waren.
Ein weiteres Ermittlungsverfahren des Landgerichts Darmstadt wegen Beteiligung Schmidts an den Einsatzgruppenmorden in der besetzten Sowjetunion wurde 1965 ebenfalls eingestellt.
Dokumentation, S. 39-40.